Die Prüfbehörde wird gem. Art. 21. Abs. 1 der VO (EU) 1299/2013 benannt und nimmt Aufgaben gem. Art. 127 der VO (EU) 1303/2013 wahr. Als Prüfbehörde fungiert der Generalinspekteur für Finanzkontrolle im Finanzministerium der Republik Polen. Dieses Amt bekleidet ein Staats- oder Unterstaatssekretär im Finanzministerium. Die Prüfbehörde ist von der Verwaltungsbehörde und der Bescheinigungsbehörde unabhängig. Die Prüfbehörde trägt die ausschließliche Verantwortung für Planung und Auswahl der zu prüfenden Projekte (Vorhaben) sowie für die Vereinbarung der Art der Prüfhandlungen und die Berichterstattung über die Prüfergebnisse und Anweisungen bzw. Empfehlungen. Die Prüfbehörde wird von einer Prüfergruppe aus Vertretern jedes beteiligten Staates unterstützt.

Mehr zu diesem Thema befindet sich im Kooperationsprogramm (Pkt. 5.3.7) und im Programmhandbuch (Kapitel I.8)